Ngày 10 tháng 5 năm 1958, Vụ Bảo vệ cơ quan được thành lập, trở thành đơn vị tiền thân của Cục An ninh chính trị nội bộ - Tổng cục An ninh.[1][5]

Theo Nghị định số 01/NĐ-CP ngày 6 tháng 8 năm 2018 quy định về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức bộ máy của Bộ Công an. Sau khi giải thể các Tổng cục, Cục An ninh chính trị nội bộ được thành lập trên cơ sở sáp nhập Cục An ninh chính trị nội bộ và Cục An ninh thông tin truyền thông trực thuộc Tổng cục An ninh trở về trực thuộc Bộ Công an.[6]